Tobolsk werd door kozakken als fort gesticht in 1586 op de kruising van de Tobol en Irtysh rivieren. Deze kozakken stonden onder leiding van Yermak, de veroveraar van Siberië.
Tobolsk werd als eerste stad ten oosten van het Oeralgebergte de hoofdstad van een gouvernement (West-Siberië). Daarmee was Tobolsk officieel de allereerste hoofdstad van Siberië. In afzienbare tijd groeide Tobolsk uit tot de balngrijkste handelsplaats in Siberië. Handelspartners waren vooral China en de stad Bukhara in het tegenwoordige Oezbekistan.
In de 17e eeuw werd het Kremlin van Tobolsk gebouwd, dat zelfs vandaag de dag nog het enige stenen Kremlin in heel Siberië is. Het indrukwekkende Kremlin bestaat uit de Sint Sofia Kathedraal, het Handelsplein, het Gouverneurspaleis en de zogenaamde Zweedse Kamers (6 grote vertrekken in barokke stijl).

Tobolsk bleef hoofdstad tot de stoel van de Generale Gouverneur naar Omsk verplaatst werd in 1820. Met de komst van de Trans Siberische Spoorlijn ten zuiden van Tobolsk (door de stad Tyumen) in 1890, zou Tobolsk nog meer aan status verliezen. Tegenwoordig valt Tobolsk onder de provincie van oliestad Tyumen'.
In 1917, toen de revolutie in de lucht hing, werd Nikolai II Romanov met enkele familieleden verbannen naar Tobolsk. Hij leefde hier enkele maanden in relatieve vrijheid (in de voormalige woning van de gouverneur) totdat hij uiteindelijk vastgezet en terechtgesteld werd in Yekaterinburg.

Het huidige Tobolsk heeft bijna 100.000 inwoners. De stad doet wat provinciaal aan ademt nog de rijke historie als voormalig hoofdstad van Siberië.
De hoofdattractie van Tobolsk is uiteraard het Kremlin, dat gelegen is op een heuvel en zodoende een schitterend uitzicht biedt. Bezienswaardig zijn verder enkele barokke en neo-klassieke kerken uit de 18e en 19e eeuw, het Zavalnoye kerkhof en het granieten monument van de stichter van de stad: Yermak.

Voor wie meer tijd heeft, kan een dagexcursie nemen naar het dorpje Pokrovka, het geboortedorp van Grigory Yefimovitch Rasputin. Het dorp heeft een museum dat gewijd is aan het leven van dit beroemde Russische personage.